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    Mercredi
       2 septembre 2026
                 à 8 h 00

   Retour sur les principales évolutions R H de cet été dans la fonction publique ...

 

                    

Cet été, plusieurs textes réglementaires sont venus faire évoluer les règles applicables aux agents publics en matière de ressources humaines. Arrêts maladie, temps partiel thérapeutique, rupture conventionnelle et report des congés annuels.

 
 
Ces nouvelles dispositions étaient attendues et suscitaient déjà au moment de leur annonce l'opposition de nos organisations syndicales.
 

 

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Comme à l’accoutumée, l’été a été propice à la publication de textes réglementaires concernant la fonction publique. S’ils étaient tous attendus, ces textes viennent modifier la gestion et la condition RH des agents publics, et en premier lieu le très contesté décret sur les nouvelles règles concernant les arrêts de travail pour raison de santé et le temps partiel thérapeutique.

 

Sans surprise, le décret paru au Journal officiel le 31 juillet 2026 transpose aux fonctionnaires et agents contractuels des trois versants plusieurs mesures applicables aux salariés des entreprises privées en arrêt pour raisons médicales depuis la loi de financement de la sécurité sociale 2026.Il implique notamment l’utilisation du certificat d’arrêt de travail sécurisé. De plus, la durée de prescription d’arrêt sera plafonnée, comme pour les salariés, à un mois pour un premier arrêt, puis deux mois pour une prolongation. Le texte précise que des dérogations sont possibles pour le prescripteur au vu de la situation médicale de l’agent.Aussi, en cas de renouvellement de congé long, le contrôle médical est allégé et le maintien de rémunération pendant l’arrêt sera poursuivi uniquement lorsque l’arrêt aura été prolongé par le prescripteur initial. Enfin, les employeurs pourront diligenter des contrôles de présence au domicile et la rémunération de l’agent pourra être suspendue en cas de refus ou d’absence injustifiée.

 

Le décret introduit de nouveaux droits pour les agents en congé maladie, tient à préciser l’administration. En première année de congé de longue maladie ou de grave maladie, les agents publics de l’État continueront de bénéficier de la majoration ou de l’indexation liée à leur affectation outre-mer dans les mêmes proportions que leur traitement. De plus, les agents dans l’attente de l’attribution d’un congé longue maladie ou de longue durée alors qu’ils sont en fin de droits à congé maladie ordinaire auront droit à une indemnité d’attente. Enfin, les agents bénéficieront de la possibilité de commencer ou de poursuivre une formation durant un congé pour raison de santé, sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé.

 

Au sein de ce même texte, le temps partiel thérapeutique fait aussi l’objet d’une évolution de procédure. Désormais, pour toute demande de temps partiel thérapeutique, même en cas de renouvellement, l’employeur disposera d’un délai maximal de 30 jours à compter de la réception de la demande pour statuer sur celle-ci. Dans le cas d’une reprise d’activité après un congé maladie long, la mise en place du temps partiel thérapeutique se fera, quant à elle, sans délai.

 

Autre changement majeur, l’employeur devra solliciter l’avis du médecin agréé s’il envisage de refuser une demande d’autorisation pour raison médicale et pourra aussi refuser cette demande pour des nécessités liées au fonctionnement du service, et ce, uniquement après un entretien avec l’agent concerné. Son refus devra être motivé. De plus, le temps partiel thérapeutique  pourra être prescrit pour une durée pouvant aller jusqu’à 1 an et un contrôle médical pourra être demandé par l’employeur à tout moment.

 

Le 6 août 2026, un décret est venu préciser les modalités d’application du dispositif de rupture conventionnelle pour les fonctionnaires des trois versants, déjà pérennisé depuis le 21 février. Les principales évolutions concernent la suppression du caractère représentatif des organisations syndicales assistant un agent public durant la procédure de rupture conventionnelle. Il s’agit aussi d’aligner les modalités de remboursement de l’indemnité spécifique de rupture conventionnelle (ISRC) au sein des trois versants. Le régime de remboursement de cette indemnité est désormais identique pour tous les agents. Le texte vient également modifier et resserrer les modalités de calcul des montants plancher et plafond de l’ISRC en tenant compte de l’ancienneté.

 

Enfin, depuis le 11 août 2026, une administration employeur doit obligatoirement fournir à un agent public qui n’a pas pu prendre tout ou partie de ses jours de congé annuel pour raisons de santé, liées aux responsabilités parentales ou familiales, ou encore aux nécessités de service, le nombre de jours de congé annuel reportés et la date jusqu’à laquelle ces jours peuvent être pris. Ces informations doivent être délivrées dans le mois qui suit la date de reprise des fonctions si le report des jours de congé annuel est occasionné par un congé pour raison de santé ou lié à ses responsabilités parentales ou familiales, et avant le 31 janvier de l’année suivante si le report est lié aux nécessités de service.

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