L’article 126 de la loi de finances pour 2014 supprime le jour de carence durant lequel les agents publics en congé maladie ne perçoivent pas leur traitement, et renforce, en contrepartie, l’obligation de transmission des arrêts maladie dans un délai de 48 heures et la possibilité de contrôler leur bien-fondé. Le délai de carence institué par l’article 105 de la loi de finances pour 2012 est ainsi abrogé. Un dispositif alternatif de renforcement de la politique de contrôle des arrêts maladie dans la fonction publique, s’inspirant des dispositifs de contrôle existants dans le cadre du régime général est prévu.

D’une part, le texte instaure un mécanisme visant à raccourcir les délais de transmission des arrêts maladie aux services gestionnaires, afin de renforcer le contrôle de leur bien-fondé. Les fonctionnaires civils d’ores et déjà soumis à l’obligation de transmettre leur arrêt maladie dans un délai de 48 heures à compter de la date du premier jour d’arrêt seront sanctionnés en cas de non respect de cette obligation. À ce jour, il ne s’agit que d’une mesure de bonne gestion administrative, non contraignante, aucune retenue sur salaire n’étant mise en œuvre en cas d’envoi tardif, contrairement au régime prévu par le code de la Sécurité sociale pour les salariés du secteur privé. Le texte tend donc à aligner les règles applicables aux fonctionnaires civils et militaires, en cas de non transmission des arrêts maladie dans un délai de 48 heures, sur les dispositions applicables aux salariés de droit privé. Ce dispositif entrera en vigueur au plus tard le 1er juillet 2014.